Knudsen er assisterende direktør ved Folkehelseinstituttet (FHI) og har lang erfaring fra toppledelsen ved instituttet. Hun har blant annet vært områdedirektør for helsedata og digitalisering, med ansvar for forvaltning av helseregistre og helseundersøkelser. Av bakgrunn er hun sivilingeniør med doktorgrad i medisinsk genetikk, og har forsket innen psykiatrisk genetikk og genetisk epidemiologi. Under pandemien var Knudsen del av strategisk kriseledelse ved FHI, og hadde ansvar for å etablere flere digitale løsninger, blant annet koronasertifikat. Vurderinger av personvern, risiko og nytte ved datadeling er sentrale deler av arbeidet ved FHI.